在当年我国的两弹研制中做出重大贡献的一批著名科学家后来都从神秘的国家特级机密的后帷走到了中国政治和社会活动的前台，成了众所周知的人物。可以说，在两弹成功爆炸之后的若干年里，王淦昌是为数不多的几个一直没有走出神秘后帷的两弹研制工作的高层大科学家之一。其原因有二：一是中央决定王先生参与两弹研制领导和组织工作时，他已55岁了，是所有直接参与研制工作中年龄最大、资格最老的科学家。1980年2月，在邓小平主持下的全国科学大会上，科学是第一生产力被确定，长期得不到应有政治待遇的臭老九们第一次有了走向政治舞台的机会。当一批两弹研制工作的主要组织和领导者纷纷从后台走向前台时，王淦昌已是73岁高龄的老人了。他这样说：当国家领导人是要有管全面工作的大才的。我老了，有生之年再为屮国核能事业做些业务工作便是最大欣慰。因而当与他并肩战斗十几个春秋的后生们如钱三强、朱光亚、周光召等都成了全国入大常委会副委员长、全国政协副主席或中国科学院院长、中国工程院院长时，王淦昌则继续埋头在中国核能工作的第一线上，虽然那时他也有全国人大常委、全国科协副主席、中国核学会理事长等社会职务，但他依然是位并不被公众所认知的神秘人物。其二，研制两弹是中国的最高机密，所有参加者即便是一位工地坎事员，也得是三代贫雇农出身，政治审查是当时最严格的，凡与两弹研制工作沾点边的儿十万参与者中，几乎是清一色的中共党员。但王淦昌不是，而且是核心领导层中惟一的一个不是中共党员的决策者。据说非党员的王淦昌当时被推荐为九院副院长，直接负责两弹研制的领导和组织工作，是毛泽东和周恩来亲自批准的。王淦昌从1961年4月走进那座灰楼起，经历了长达17年之久的隐姓埋名的岁月。他不仅是参与两弹研制工作的科学家中隐姓埋名时间最长的一个，就是在可以公开身份之后的七八年中他仍然严格按照组织规定，极少露面，更不太用自己的真姓真名。王淦昌后来也加入了中国共产党，那是在组织允许他结束隐姓埋名生涯后的1979年10月20日，此时他正好72岁。