清兵从平乐来攻。焦琏方扈送驾，自全州旋未至，守御单脆。敌骑驰薄桂林，入文昌门，式耜督兵巷战。会琏至，驰御之，斩数骑。敌乃退走阳朔。式耜独守孤城者两月。已而楚督之师溃于长沙，郝永忠、卢鼎奔入桂林，式耜会户部尚书严起恒安辑之，令守大榕江。遣焦琏东复平乐，守之。孔有德前部入严关，永忠惊走，桂林溃。永忠欲挟式耜去，式耜怒曰：“吾奉命守桂，桂，吾死土也。”独坐空城中，檄焦琏撤平乐归守。清兵虚抵桂，扣北门入。式耜奉赐剑，督琏巷战，斩数十骑。清兵惊遁，驻北关外。式耜檄迎何腾蛟于柳州，腾蛟以胡一青、赵印选之兵至，会蹑清兵于北关，三战三胜，退入全州。式耜遣琏北会腾蛟，攻复全州。腾蛟以是复下湖南，皆式耜力也。
时上播迁柳、象，陈邦傅迎居南宁。邦傅挟上骄横，式耜累檄之下梧州，不应。乃遣焦琏自平乐略地梧州。会李成栋反正，梧州平，粤西大定。成栋遣其将杜永和迎上东巡。式耜表遣给事中蒙正发、编修蔡之俊、评事朱盛[1234]迎上返跸桂林，言：“东粤已定，出梅岭者唯成栋一军，请诏而下，无烦上自往。今日大势在楚，楚师不下三十余万，镇将四十余营，号令莫一，易成疑沮，非天子弹压，则进无寸功，而退有百患。上诚莫如幸桂林，为出楚计，北图岳、鄂，东援南昌，西收荆、澧，事犹可为，若远即海ㄛ，而举江、楚大计一委之腾蛟，腾蛟虽忠略有余，而孤注之忧，不能不为之虑也。”疏入，上犹豫间。内阁王化澄、朱天麟贪成栋馈问，因中涓说慈圣太后，谓东粤安而西粤危，且以收新附者之心。上遂下肇庆。居半载，楚将果惊猜内讧，腾蛟死，湖南复陷。楚兵溃入桂林，式耜奉命兼督楚师，随宜安插饷饣军，固守楚塞。奏用侍郎张同敞总督诸军，给事中吴其雷监理之。与清兵相持于东安、零陵之间，大小数十战，互相前却。