是时北方：曹锟为直、鲁、豫巡阅使，吴佩孚为副。王占元为两湖巡阅使，张作霖为东三省巡阅使，兼蒙疆经略使。湖南军队进攻湖北，王占元败走。旋为吴佩孚所败，进陷岳州，川军东下，亦为佩孚所败。十一年四五月间，奉军在近畿和直军冲突，奉军败退出关。孙中山本在广西筹备北伐。是年四月间，将大本营移至韶关。陈炯明走惠州。五月，北伐军入江西。六月，徐世昌辞职。曹锟等电黎元洪请复位。元洪复电，要求各巡阅使、督军先释兵柄，旋复许先行入都。撤消六年六月解散国会之令，国会再开。孙中山宣言：直系诸将，应将所部半数，先行改为工兵，余则留待与全国军队同时以次改编，方能饬所部罢兵。未几，广西粤军回粤，围攻总统府。孙中山走上海。岁杪，滇、桂军在粤的及粤军的一部分讨陈。陈炯明再走惠州。十二年二月，孙中山乃再回广州，以大元帅的名义主持政务。然滇、桂军并不肯进取东江，在广东方面的军事，遂成相持之局。此时北方各督军中，唯浙江卢永祥通电说，冯国璋代理的期限既满就是黎元洪法定的任期告终，不肯承认黎元洪之复职为合法。东三省则自奉、直战后，即由三省省议会公举张作霖为联省自治保安总司令，而以吉、黑两省督军为之副，不奉北京的命令。其余则悉集于直系旗帜之下。南方如陈炯明及四川省内的军人，亦多与之相结的。直系的势力，可谓如日中天。而祸患即起于其本身。十二年六月间，北京军、警围总统府索饷，黎元洪走天津，旋走南方。至十月，曹锟遂以贿选为大总统，于十月就职。同时公布宪法。浙江宣布与北京断绝关系。云南及东三省皆通电讨曹，然亦未能出兵。十三年九月，江、浙战起，奉、直之战继之，直系孙传芳自福建入浙，卢永祥败走。北方则冯玉祥自古北口回军，自称国民第一军。胡景翼、孙岳应之，称国民第二、第三军。吴佩孚方与张作霖相持于山海关，因后路被截，浮海溯江，南走湖北。奉军入关，张作霖与冯玉祥相会，共推段祺瑞为临时执政，段祺瑞邀孙中山入京，共商国是。孙中山主开国民会议，解决国是。段祺瑞不能用。段祺瑞亦主开善后会议，先解决时局纠纷，再开国民代表会议，解决根本问题。孙中山以其所谓会议者，人民团体无一得与，诫国民党员勿得加入。于是会商仍无结果。是年三月十二日，孙中山先生卒于北京。